急性的病理诊断：
早期是一种蜂窝组织炎，始于射精管并蔓延至附睾的尾部。在附睾炎急性期，附睾肿胀，质地较硬，感染由附睾的尾部向头部扩散。在病理切片上，可以看到小脓肿，鞘膜常分泌一些浆液性液体（炎症性附睾水囊肿）。这些液体可包涵有脓液，精索变粗，睾丸继发性充血肿胀，但一般不发生炎症。光镜下可见组织水肿，中性粒细胞、浆细胞及淋巴细胞浸润，随后可见脓肿形成，上皮可见坏死，炎症可完全吸收，但附睾小管周围纤维化常常导致管腔阻塞，如果是双侧附睾炎，可致不育。
急性附睾炎的鉴别诊断：
1.结核性附睾炎：很少有疼痛及体温升高，附睾在触诊时可与睾丸分清。输精管呈串珠状。前列腺高低不平，同时精囊增厚。尿液与前列腺液培养可找到结核杆菌。
2.睾丸肿瘤：阴囊超声图有助于鉴别诊断。如诊断不能肯定时应行手术探查。
3.精索扭转：常见于青春期前儿童，有时亦见于年轻成人。
4.附睾、睾丸附件扭转：见于青春期前男孩。早期附件扭转后发生局限疼痛及肿胀。一旦进入后期即不能区别附睾炎或精索扭转。此时早期外科探查是必须的。
5.睾丸附睾损伤：不易与急性附睾炎区别。但损伤史、无脓尿及不正常尿道分泌物可以帮助鉴别。
6.流行性腮腺炎引起的附睾睾丸炎：常伴有腮腺炎，无尿路症状。
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